化學繪圖軟體ChemDraw真的什么都能干!-在字形子菜單中包括三種常見字的操作

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今天要介紹的就是一款無所不能的化學繪圖軟體——ChemDraw,繪制平面化學結構、生成立體化學模型、查詢化學資訊、編寫化學腳本、計算化學數據等等,堪稱化學界的必備神器。

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1、繪制平面化學結構

通過使用ChemDraw可以繪制基本化學結構,基本化學結構包括固定長度的鍵、固定角度的鍵、楔鍵、碳氫長鏈、雙鍵。在字形子菜單中包括三種常見字的操作:Superscript(上標)、Subscript(下標)、Formula(字形,數字自動縮小)。使用ChemDraw 15.1 Pro可以繪制的化學結構式包括無機結構式、有機結構式、反應物、產物、箭頭、反應條件、分子下方文本框、陰影框等。

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ChemDraw繪制青霉素分子結構式

2、生成立體模型

最新版Chem 3D集成ChemDraw和Chem 3D,可簡化2D和3D模式之間的結構互換,使合成化學和計算數據之間的交流更有效和開放,通過Chem 3D中的ChemDraw Panel面板模板還可以創建三維結構。化學學生可以使用Chem 3D組件加深入地認識分子的3D空間結構及對其屬性所產生的影響。Chem 3D提供3D分子模擬圖形,化學學生可通過研究化合物的三維結構來預測化合物屬性和特異性,Chem 3D中有五種類型的模型顯示形式。

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3、自動生成能量驅動圖

利用Chem3D軟體可以計算任意立體結構二面角的能量并自動生成能量驅動圖,主要步驟是先在Chem3D軟體窗口繪制完成自己需要的立體結構,然后使用選擇工具選中需要計算能量的二面角,如果無法使用選擇工具一次性選中,安裝Shift鍵依次單擊即可。最后點擊Calculations計算菜單并選擇Dihedral Driver命令下面的Single Angle Plot(單角)或者Double Angle Plot(雙角),此時繪制窗口的立體結構會圍繞已選中二面角進行旋轉,同時在Output窗口中生成一系列能量數據。當旋轉驅動結束,Chem3D軟體 窗口會自動彈出Dihedral Driver Chart(二面角能量驅動圖),單角的能量驅動圖如下所示。

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4、計算化學數據

ChemDraw和Chem 3D均可進行化學數據計算工作,主要有以下幾項,利用軟體系統內嵌的基于分子力學的MM2方法,可對分子構型進行動力學模擬,利用內嵌的GAMESS量子化學軟體包,可對分子構型進行優化,除此之外還可以計算IR、Raman和NMR、核磁共振圖譜等數據。

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5、查詢化學資訊

ChemFinder是ChemDraw化學軟體中的資料庫管理系統,不僅可以進行化學物質的理化數據查詢還可以自己建立ChemFinder資料庫。包含的多種化學通用資料庫共四十多萬個化合物的性質、結構、反應式、文獻等檢索條目的分析和利用,可為化學家的目標化合物設計、反應路線選擇和物化性質預 測以及文獻的調用提供極大的方便。ChemFinder不僅能查找該分子結構的ACX編號,而且還能夠查找相關合成路線以及參考文獻來了解該化合物的一些 基本的理化性質,靈活使用ChemFinder在線檢索功能,不僅在化學教學上有較大幫助,而且對化學相關的科研工作也大有裨益。

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6.繪制K.C.Nicolaou教授報告中那般絢麗多彩的分子結構

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步驟:1) 選中目標分子,點擊打開general tools中的pentools選項如圖。

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2) 如圖打開Crvues選項條選擇filled

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3) 用滑鼠選中要filled的結構的每一點。

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4) 選中圖層填充改變顏色。

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5) 將分子至于圖層的前段就可以得到最終效果。

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也可以實現分子的不同顏色

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如圖打開Crvues選項條選擇shaded選項可以實現以下效果。

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以上就是ChemDraw提供的主要功能介紹,若想真正了解這位化學軟體“佛爺”,值得您好好花時間琢磨一番。

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來源:化學科訊

部分圖片來源于網路

經“醫學刊發”綜合整理編輯

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