凈出難題呀，想比出差別來太難了，地域、歷史、質量、聲譽都差不多，但重點專業上還是有差別的。

共同點：

都是由原來的工學院、師范學院、化學工業（齊大）、醫學院（佳大）合并而成，這三類專業的水平都差不多，都是老專業也都挺厲害。

差別點：

佳木斯大學部的口腔醫學、材料工程，尤其是口腔醫學全國聞名，是最早的國家重點專業，比哈爾濱醫科大學部的口腔醫學厲害。

齊齊哈爾大學部的英語、化學，尤其是英語也是最早的國家重點專業，比哈爾濱師范大學部厲害。

所以兩所大學部都挺好，只是地理位置差一些，如果搬到哈爾濱，不會次于哈師大或科技大學部等。

結論和建議：

工科、師范、醫學類專業都很好，兩所大學部水平無差別。

重點專業有所不同：佳大的口腔、材料，齊大的英語、化學在全國也是上數的。