這無非又是在說，唯物主義和唯心主義的問題。如果把思想這個詞，改成意識，應該更為準確。 比如嬰兒和還不會講話的幼童，他(她)哪來的思想？但是他們是有意識的。 有本質和現象兩個答案。從本質上來說，是身體在操縱著意識，有其必然性。。從現象來說，是意識操縱著身體，有其偶然性。
從本質上來說，從微觀的角度看， 人就是一團自然界中的元素。因為偶然的因素，按照自然規律聚合在一起。 最早只是一些有機物的碎片。經過長期的偶然性的篩選， 一些偶然具備了能進化和發展為生物的規則和本能的有機物，進化成了生物。并且形成了現在的生物界。人不過是生物中的一種，本質上和其他的生物完全一樣，擁有共同的主要的本性。在還是有機物碎片的時候，應該是不會有意識的。意識，是隨著生物體的形成才具有的。不是主觀具有的，應該是偶然產生的。原始的生物，是沒有視覺和聽覺的，也沒有大腦，連神經節都沒有。通過對外界環境的感知，然后能做出一些相應的反應，比如碰到酸堿、碰到高溫，知道拉開距離，這就是最初的意識。意識的最初的作用，應該就是用來保護身體。意識強的生物因此而能存在和發展起來。意識弱的生物，有很多肯定是滅絕了。有些隨著進化過程中擁有了很強的保護自己的能力，雖然低等，但是很頑強。比如病毒和細菌。意識強的生物，一路發展進化，越來越復雜。意識最復雜的，也就是人了。 意識，應該是生物偶然獲得的，用來保護自己，對環境和自身的資訊，以及自身的需要，進行采樣、分析、作出相應反應指令的能力。 意識既然是為身體服務的，那么從本質上來說，它當然是受身體的各種需求操縱。身體得到了某些方面的滿足，比如剛吃過美食。意識也會同時產生愉悅感。只要獲得了有用的物質和能量(也包括精神享受，比如音樂能讓人身體放松，產生愉悅感。思想的交流，能讓大腦的工作更順暢，減輕大腦的工作量，同時產生愉悅感。)，人就會不由自主的感覺到高興。又比如，如果有很長一段時間的陰天，人就會感覺壓抑。某一天天晴了，曬一下太陽就會感覺很高興，因為那是能量。當然過量了，暴曬，也還是受不了。
至于說思想，那是人類意識中比較高級的部分，是為了適應環境逐漸進化出來的。 比較原始的部分，也就是層次較低的意識，可以稱之為情感。情感能讓人做出本能的反應，根本不需要思考。思想，能夠讓人超越身體原始的控制。做一些看似對身體沒有直接好處的事情。比如說不是為了進食和尋找食物、能量， 做一些看似無用的事情。 對周圍環境的其他物體，以及對人類自身進行研究和探索。從根本上來說，是為了滿足人類在更大的環境和更復雜的層次生存的需要。人類與周圍一切物體之聯系，也可以說產生因果，都首先是為了滿足自身的需求而展開的。所以從本質上說，還是身體在控制著思想以及意識，并且始終遵循自然規律和生物的本性。人當然也有利他的行為，比如幫助別人，愛護其他生物等等。其實也還是為了擁有一個良性的外部環境，利于自己長期的生存。涉及到生物的一個本性。 此處就不做討論了。
從現象上來說，意識(包括思想)操縱著身體，與周圍的環境中的人或物產生聯系，產生因果。這個過程，有些是必然的，也有一些是隨機的。隨著時間、地點、聯系的人或物的不同，有很大的偶然性。意識決定著這種偶然性。比如大多數人，都必然結婚。但是結婚的對象，卻會有很大的偶然性。但是這個這個偶然性中，又包括著必然性。比如，你必然是跟一個人結婚，不可能是跟一只猴子。比如一個原始人，早上起來決定出去打獵。他肯定也是去打自己能夠獵獲的獵物。而不可能說他今天要到天上去摘傳說中王母娘娘的蟠桃。也就是說你的選擇本身就已經事先限定了范圍，你身體的需求還是在起作用。
所以說，身體始終操縱著意識，也包括思想。思想只是在一些必然條件下，偶然性的選擇上起作用。