在6月3日16時35分的時候，廣州捷運官方在微博發布了最新通知，進一步加強全市的疫情防控工作，自6月3日17:00起，廣州捷運一號線芳村站、花地灣站以及捷運五號線滘口站所有出入口的防疫設施將全面升級，執行只出不進防控應對政策，
同時，廣佛線仍實行鶴洞站、菊樹站停止對外運營服務。還有，捷運一號線西塱站、坑口站，廣佛線龍溪站、西塱站、沙涌站所有出入口也將繼續執行只出不進的防控應對政策，
此外，為落實防疫工作，凡是進入捷運車站的乘客均須主動出示“粵康碼”或“穗康碼”，并且戴好口罩，所以，請各位乘客提前申報，顯示“綠碼”的乘客方可進站乘車。同時，在進入捷運站的乘客，請務必全程佩戴好口罩，并配合監測體溫，
為此，大家在出門之前，一定要做好個人防護，搭乘捷運時盡量分散候乘，車廂中全程戴好口罩，盡量減少交談。
6月3日傍晚，廣州市召開新聞發布會通報疫情防控最新進展，廣州市荔灣區（北片區）的西村街、南源街、橋中街、昌華街、彩虹街、逢源街、多寶街、沙面街、嶺南街、華林街、龍津街、金花街、站前街，3日內要完成新一輪全員核酸檢測，請區域內市民群眾配合。
據悉，自5月26日啟動重點區域全員核酸排查以來，截至6月2日24時，廣州全市累計核酸采樣781.76萬份，其中682.92萬份結果為陰性，已發現陽性29人，
廣州市新型冠狀病毒肺炎疫情防控指揮部6月3日發布通告，對荔灣區白鶴洞街、東漖街執行封閉管理，據通告，荔灣區白鶴洞街（3.1平方公里，人口74442人）、東漖街（4.4平方公里，人口63997人）調整為封閉管理區域，嚴格居家，足不出戶，執行封閉管理。
此外，荔灣區沖口街、海龍街、石圍塘街、茶滘街、東沙街、花地街調整為封控管理區域，人員只進不出，嚴禁聚集。通告稱，相關封閉管理區域、封控管理區域實施交通管控，人員活動實行嚴格管理，進行多輪核酸檢測，
6月3日，廣州covid19肺炎定點收治醫院、廣州醫科大學部附屬市八醫院（廣州市第八人民醫院）院長雷春亮接受媒體采訪說，與廣州此前疫情相比，本次疫情的變異株呈現毒力更強的特點，針對變異株毒力強的情況，要引起高度關注。
