歷史是復雜的，清朝之所以會把澳門主權拱手讓給葡萄牙，并不僅僅是喪權辱國那么簡單，而是綜合因素造成的結果。
葡萄牙竊據澳門一事，最初可以追溯到1553年。在此之前，葡萄牙的選擇并不是澳門，而是屯門，也就是今天香港的西部地區。正德年間，葡萄牙曾率軍竊居屯門，但由于兵力不足，加之火藥耗盡，遂被明朝水軍逼退，這才輾轉來到澳門。1553年，葡萄牙人借口晾曬貨物，登上澳門，并賄賂廣東海道副使汪柏，希望在澳門進行貿易。汪柏除收受了賄賂，還寄希望于葡萄牙人能為他提供稀有的龍涎香，以便進貢至宮廷，謀求職位上的晉升，遂允準了葡萄牙所求，但要求交易之后必須立即拔錨離開，不得滯留。
隨后，葡萄牙人開始進一步謀求對澳門的竊據。1557年，葡萄牙人開始在澳門設立定居點。1582年，葡萄牙人與明廷訂立了借地協約，葡萄牙方面每年要向明朝廣東香山縣支付500兩白銀的租金。此后，葡萄牙開始在澳門設立市政廳，修筑炮臺的設施。
清朝建立之后，澳葡方面立即宣布效忠清廷，除按時支付租金外，還允許清廷向澳門商人收稅。清廷見澳葡恭順，遂允許葡萄牙方面代守險要。
除了澳葡方面比較恭順之外，清朝之所以會延續澳門的現狀，還有一些其他原因。首先說，葡萄牙久居澳門，漸成規模，西方各國來華貿易的商船都會選擇在澳門停留，補充給養等。清朝認識到澳門作為對外開放的窗口和支點，其作用甚大，更是為了避免洋人在廣州滯留時間過長，引起事端，所以決定維持現狀。另外，清中期以來廣東沿海的海盜問題頻發，而澳葡方面則在清廷圍剿海盜的過程中起到重要甚至是決定性的作用。
總而言之，在晚清之前，葡萄牙對于清廷有著幾乎是不可替代的價值，加之澳門地處偏遠，清廷無力照拂，遂決定維持現狀，但澳門的主權始終在明清兩朝政府的手中，這點是無可質疑的。
而清朝后來之所以放棄澳門的主權，從某種意義上來說，是其身處列強夾縫之中既無奈又務實的最優選項。
鴉片戰爭戰敗后，列強意識到清朝外強中干的本質，開始紛紛向清朝示威。1842年葡萄牙向清廷提出豁免租金，并派兵駐防澳門半島。1845年，葡萄牙女王瑪麗雅二世單方面宣布澳門為自由港，各國商船開始進入澳門停泊貿易。1849年，澳葡單方面停止向清廷繳納地租，并逐漸向澳門半島周邊擴張勢力，1851年侵占氹仔，1863年侵占塔石、沙岡、新橋、沙梨頭，1864年侵占路環，1879年侵占龍田，1883年侵占望廈、荔枝灣 、石澳及青洲等地。
與此同時，葡萄牙一直沒有放棄通過談判奪取澳門主權的希望，1864年和1868年，葡方兩次向清廷總理衙門提出訂立相關通商條約。但此時清朝風氣漸開，早就認識到葡萄牙國力有限，總理衙門遂對葡方的照會置若罔聞。
但國際局勢瞬息萬變，進入19世紀80年代以后，隨著法國入侵東南亞地區以及大陸廣西和東南沿海一帶，連帶著對澳門也起了覬覦之心。
面對法國的野心，葡萄牙方面自知不敵，所以召開議會商討，擬通過澳門和葡屬幾內亞來交換法屬剛果。清廷總理衙門聞訊，擔心澳門一旦落入法國之手，會給廣東、廣西等省份帶來更大的威脅，加之清廷此時正打算在香港、澳門兩地實行鴉片稅厘并征，以便增加財政收入，所以更傾向于由葡萄牙繼續管理澳門。同時，英國也擔心法國的介入會影響到它的既得利益，所以英國也愿意幫助葡萄牙盡快確定澳門的主權問題。
清朝、葡萄牙和英國三方立即達成共識，于是由清廷海關總稅務司赫德出面，與澳門總督羅沙敲定了相關條款，但總理衙門認為有些條款開價太高，不予認可，葡萄牙亦急于占領澳門，遂做出讓步。雙方于1887年3月在葡萄牙里斯本初步簽訂了草約。
但當年7月，澳門總督羅沙前往北京正式簽署條約時，向總理衙門呈送了一份地圖，地圖上故意將大量周邊區域劃入澳門屬地。總理衙門認為不妥，并提出有權引渡逃入澳門罪犯的要求，簽約之事被拖延。
雙方經過進一步磋商，葡萄牙最終放棄了對所謂澳門屬地的主權要求，并撤銷澳外關卡，允許清朝從澳門引渡罪犯。1887年12月1日，清朝與葡萄牙正式簽訂了《中葡和好通商條約》。條約規定，葡萄牙永居管理澳門，但未經大陸同意，葡萄牙不得將澳門轉讓給他國。自此，大陸對澳門的主權才真正喪失。