這個問題問的不錯。說實話關于李自成之生死，學界還是爭議還是有點的，但普遍認為李自成在湖北九宮山率領小股人馬偵查地形事態的時候被當地的地主武裝殺死，個人是贊同這個看法的。畢竟我實在難以想象如果李自成還活著會放棄部隊的指揮權去當“奉天玉和尚”，從后面大順軍缺乏統一指揮的表現來看，李自成應該是死于九宮山了。
至于李自成被草草埋葬，這也是沒辦法的事。在李自成死后，起義軍已經在形勢緊急之下以最高規格埋葬了李自成，請看史書原文。
《明史紀事本末·卷七十八》：李過聞李自成死，勒兵隨赴，僅奪其尸，滅一村而還，結草為首，以袞冕葬之羅公山下。
看見沒？“滅一村而還”，這是替李自成報仇，畢竟沒見過殺李自成的人長啥模樣，只好憑直覺隨機挑選報復對象了。李自成死后，頭顱被割去，還“結草為首”，能讓李自成去的更體面一些（難不成清軍還在附近，讓起義軍給李自成用黃金鑄一個頭顱嗎？有時間嗎？），以“袞冕葬之”，這已經算是以帝王之禮入葬了，雖然倉促，但確實在最大程度的表達了對老領導的尊敬。
而從清軍的行蹤來看，人家打著“為明復仇”的旗號入關，對起義軍的打擊可謂是如影隨形，在李自成死前，就已經有過多次交鋒，事態緊急，哪有時間搞什么大操大辦？難道還要鑼鼓敲起來，嗩吶吹起來，作七天七夜的法事，好讓清軍知道自己在哪里，可以繼續追殺嗎？所以，關于李自成“草草下葬”這一段根本就不用過度解讀，純粹是人家起義軍習慣于流動作戰，沒那個時間厚葬。
《清史稿·卷230》：（阿積賴）竄入九宮山，率師搜剿，殲其徒甚眾。
《滿漢名臣傳·瑚里布》：追剿至九宮山，五戰皆捷，師還，敘功授云騎尉世職。
在李自成死后，大順軍群龍無首，面對氣勢洶洶的清軍，壓力山大，大順起義軍各頭目在聯合南明的問題上迅速達成共識，“諸部從賊久，頗厭剽徙；為清所大挫，心魂俱褫。聞南京立天子，欲歸附，不知所介紹”，于是輾轉與湖南地方的軍政大員交涉。
劉體仁和郝搖旗等人首先與總督湖廣、起床、云南、貴州、廣西軍務的何騰蛟交涉投順事宜，期間還發生了點誤會，長沙守軍見郝搖旗部眾4、5萬人聲勢浩大的開來，心里有點慌。長沙知府周二南領兵千人，前往試探，被郝搖旗部擊潰，周二南被射殺。長沙守兵薄弱，人情洶洶，何騰蛟不得不派部將萬大鵬等二人前去與郝搖旗等人交涉，問明來意，雙方坦率真誠的交換了意見，招撫答成，愿受何騰蛟節制，“搖旗等大喜，悉招余黨來歸，驟增兵至十數萬，聲威大震”。隆武帝賜名“郝永忠”。
另一部由李過、高一功所帶部眾約30萬人準備從湖北向湖南挺進，湖北巡撫堵胤錫親往招撫，對李過、高一功等人曉之以理、動之以情，李過當即決定接受堵胤錫的招撫，歸順南明，李過、高一功封列侯，“李過”被賜名為“李赤心”，高一功被賜名為“高必正”，其軍被命名為“忠貞營”。
至此，大順軍余部幾乎被南明編入麾下，與原來的南明部隊合稱為“十三鎮”。順治三年春，何騰蛟率領郝永忠、張光璧、馬進忠、王允成等部于岳州傅城而戰，又戰于藤溪、湘陰，所向皆捷，計劃攻克武昌、岳州等地；堵胤錫率領李過等部直撲荊州。尤其是李過的“忠貞營”打的極其勇猛，“大小神器如轟雷不絕，遠近聞數十里”，荊州“城崩數十處”，清將鄭四維奮力拒守，勉強保荊州不失。
清廷得知湖廣危急，急令多羅貝勒勒克德渾為平南大將軍，率鎮國將軍宗室鞏阿岱、固山額真葉臣、護軍統領博爾惠等率八旗軍增援。據《清世祖實錄》顯示，勒克德渾派博爾惠以偏師南下岳州，迎擊何騰蛟一路，連續擊敗馬進忠、王允成部，擊退何騰蛟的兵馬；而自率八旗軍主力迎擊堵胤錫率領的“忠貞營”。而李過等人將大營設在南岸，主力正在全力攻打荊州，對清軍的行動毫無察覺。勒克德渾在當地人的引導下（《永歷實錄》載：永歷政權無力供養忠貞營，于是忠貞營只得自籌糧食，導致民怨），讓尚書覺羅郎球率領輕騎兵偷襲南岸，自己則率大軍分為兩翼沖擊“忠貞營”，猝不及防之下，李過大敗，不得不退卻，此戰受挫之后，忠貞營精銳消耗很大，不得不退往川、楚交界處修整。此戰之后，田見秀、張鼐、吳汝義等向清廷投降，清廷疑其詐降，俱被斬首。
在荊州戰役失利后，同年八月，清廷派恭順王孔有德、懷順王耿仲明、智順王尚可喜、續順公沈志祥、固山額真金礪、梅勒章京屯泰率領滿八旗、蒙古、漢軍南征，進攻湖南。順治四年四月，連克湘陰、衡州。八月攻破寶慶、常德、清遠、靖州、黔陽、沅州、永州、辰州等城，永歷政權在湖南控制的地盤基本失去。而郝永忠部在伺候經過桂陽、永州、道州等地，轉移到桂林，與滇營、焦璉等部配合在全州大敗耿仲明部將董英部，斬殺千余人，董英“僅以身免”，但不久又與焦璉部主客矛盾爆發，抗清局面就被破壞。順治五年二月，郝永忠部在臨川被清軍擊敗，奔還桂林，撤至柳州。同年八月在武岡與陳友龍爆發沖突后，又隨著何騰蛟的死去，郝永忠部與南明失去聯系，“至黔之獨山川”，順治七年，到達楚蜀邊界定居，這就是后話了。
順治五年，抗清局勢又為之一變，原明降清將領金聲桓和王得仁在江西反正，清廷后院失火，忙不迭的從湖南抽調兵力前往江西鎮壓，湖南的形勢對永歷政權可謂大好，何騰蛟發動反攻，基本收復湖南大部分失地，清軍在湖南的據點僅剩長沙一城。在川、楚交界屯駐了兩年之久的“忠貞營”奉堵胤錫之命于十一月在湖南北部和中部發動反擊，攻克益陽、湘潭、湘鄉、衡山等縣城，進而圍困長沙。并在進攻長沙之時，將守將徐勇射傷，“徐勇立城上，赤心一箭中其骽”。
在忠貞營攻打長沙的時候，何騰蛟認為“長沙自我失之，必自我復之”，遂讓堵胤錫命忠貞營從長沙去支援江西的金聲桓和王得仁部，長沙的問題由他率領馬進忠部和滇營解決，但是事不遂人愿，忠貞營在途中與胡一青率領的滇營發生矛盾（一說是李赤心與何騰蛟之將王進才有怨，并不往江西進發，在入粵途中被滇營阻止），滇營并不能趕到預定位置，而馬進忠與何騰蛟會合時只帶了1000余人，這點兵力攻打長沙根本就是杯水車薪。
永歷政權內部發生軍事失誤的同時，清定遠大將軍濟爾哈朗率八旗軍南下，其部以順承郡王勒克德渾、都統阿濟格尼堪為前鋒部隊，急速向何騰蛟所在的湘潭挺進。順治六年正月，湘潭被清軍攻破，何騰蛟被俘不屈，被清軍殺死，湖南境內明軍不敵清軍八旗主力，紛紛潰敗，“凡已收復各郡縣，從此復陷”。會戰失敗后，忠貞營退往廣西境內。同年五月，李赤心病死于南寧，所部由高必正繼續主事。
在退往廣西后，高必正等人曾經建言抵制黨爭，合力抗清，但永歷政權實在是腐敗透頂，讓忠貞營失望透頂，加之軍餉缺乏。于是在順治七年冬，向川、楚邊界轉移。據《永歷實錄》記載，途中高必正遭到孫可望埋伏戰死，領導責任落到了李赤心的養子李來亨身上。大概在順治八年左右來到川、楚邊界定居，不再直接隸屬于永歷政權。
而此前劉體仁、袁宗第在順治三年荊州之戰后，輾轉河南南陽、陜西商州、湖北襄陽等地。在順治五年，又與李赤心等人聯合一起在湖南與清軍作戰。在李赤心等部退入廣西后，大概在順治七年到達川楚邊界定居。此外順軍余部塔天寶也在同年來到川、楚邊界。
至此大順軍余部的主要領導們，如李來亨、郝永忠、袁宗第、劉體仁、塔天寶、黨守素等全部齊會川、楚邊界，與最早到的賀珍等起義軍形成“夔東十三家”，在此長期從事抗清運動。直到康熙二年，清廷基本消滅永歷政權，于是命都統穆里瑪為靖西將軍、都統圖海為定西將軍率領京師八旗兵和四川、湖廣綠營兵10余萬向“夔東十三家”發起進攻，劉體仁、李來亨兵敗自殺，郝永忠、袁宗第二人被俘后不久被清廷殺死，黨守素、塔天寶、馬騰云等率部降清。至此，大順軍余部以及其抗清運動走向完結，所謂“中原無寸土一民為明者，惟諸鄭屯海外”。
引用文獻：《清世祖實錄》、《清圣祖實錄》、《清史列傳》、《明史紀事本末》、《清史稿》、《滿漢名臣傳》、《明通鑒》、《永歷實錄》、《嶺表紀年》、《明季南略》、《小腆紀年附考》、《小腆紀傳》、《明末忠烈紀實》