啦啦啦，來回答。
第一個問題，日版和美版。在回答之前首先要明確“日版”和“美版”是指什么。和變形金剛有關系的公司主要是兩家，日本TAKARA公司（T社）和美國孩之寶（孩記）。同一款變形金剛玩具T社和孩記可能都會發售，而由于雙方公司策略不同，會出現同款玩具輕微改模/換配件/重涂甚至換角色換派系的情況，這種情況下就出現了“日版”和“美版”。一般來說，由日本TAKARA公司發行的變形金剛玩具稱之為日版，由美國孩之寶公司發行的變形金剛玩具稱之為美版。另一方面，變形金剛的另一個主要組成部分，動畫，也同樣有日版和美版之分。這種情況相對使用較少。孩記推出了很多變形金剛動畫，比如《領袖之證》，T社一些時候跟著孩記賣玩具，也有些時候會推出自己的動畫，比如《三乘合體》。
第二個問題，版權在誰手里。由于歷史關系，變形金剛的版權一直很神奇，比如G1天火其實是《超時空要塞》中的VF戰機造型，比如《百變雄師》系列的版權同樣握在孩記手里，角色偶爾還會打個醬油，等等。我所知跟變形金剛有關系的最早事件，是1970年T社從孩記購買了一套產品《CombatJoe》人形的使用權。但是日本小孩并不是很喜歡兵人玩具，于是T社對其改頭換面，叫做《變身生化人》。后來T社又開發了一系列微縮版的“變身生化人”，最終定名《微星小超人》。這個系列隨后加入了變形元素。在這個基礎上，T社開始開發變形玩具，又推出了《戴亞克隆》系列玩具。
1980年的東京玩具展，T社和孩記開始洽談合作。雙方開始了T社負責玩具開發，孩記負責銷售策略的合作模式，這一模式一直延續到了今天。今天很多變形金剛玩具就是T社設計的。說回當年，孩記選了T社的《微星小超人》和《戴亞克隆》兩個玩具系列的部分產品，以《變形金剛》之名引進美國。同時期，漫威公司推出的漫畫作品和SunbowProductions公司制作的動畫，也開始發行。孩記為了豐富角色，還購買了一些其他日本變形機器人玩具的版權，比如源自《超時空要塞》VF戰機造型的G1天火就是這個時候加入變形金剛系列的。說句題外話，同樣的事情其實也發生在了《太空堡壘》系列上，最早的《太空堡壘》就是由三部日本動畫剪輯重制而成。
1986年，《變形金剛TheMovie》，也就是迷友所說的變形金剛大電影上映。當時孩記負責劇情和設定案，T社和東映負責動畫制作、玩具開發和人物設定。在這之后T社和孩記雙方陸陸續續地制作發行了一系列的動畫、漫畫、游戲等作品，以及進行最重頭的，玩具產品的開發和銷售。
簡單地說，玩具版權最早在T社手中，孩記后來進行了購買，而動畫版權剛好相反，是T社從孩記手中購買，造成的結果是，雙方都有版權。
第三個問題，關于世界線。題主提到了G1、大電影、真人電影，這里面G1和大電影是一條世界線，真人電影是另一條。如果題主同樣關注過《機動戰士高達》或者《假面騎士》之類的系列作品的話，會發現這些作品的情況多少有些相似。《變形金剛》系列有動畫，漫畫，游戲，小說，電影等等不同形式的作品，也有G1、艦隊、DW、IDW等不同的子系列，這些不同作品之間有些隸屬于同一世界觀。由于能力有限，難以回答有幾條世界線，只能稍作列舉。比如G1->大電影->頭領戰士->隱者戰士->勝利之斗爭->G2->超能勇士(BW)->猛獸俠(BM)這些作品基本是在同一世界觀，或者說同一個宇宙下（日版三部曲的情況并不是十分了解，如果有錯誤請指出）；《塞伯坦之戰》(WFC)，《賽博坦的隕落》(FOC)，《領袖之證》(TFP)，這些作品也是在同一世界觀下；而IDW公司出品的系列漫畫，不管是短小故事的《英雄傳》系列，還是大長篇連載的《隨時變形狀/非同凡響》(RID)、《難以置信/超越視覺》(MTMTE)系列，或者是《威震天本紀》、《漂移的巖石帝國》這樣的作品，也都是在同一個世界觀下。還有像Botcon年會漫畫這樣試圖把各個不同宇宙聯系起來的作品。簡單地說，各個世界觀之間的區別主要是三個方面：
一，背景設定
二，人物設定
三，劇情
聽上去很像廢話╮(╯_╰)╭
簡單地列舉一些例子。比如比較有名的女性賽博坦人的問題，在不同的世界觀設定完全不同。有些故事里是”反正就是有“，并不給出詳細的描述；有些故事里是”其實那不是女性，翻譯成女性是為了方便地球人理解，我們兩性比例是夸張的12:1“，沒錯，我說的就是鈦師傅的《普神圣約》；而IDW世界線中，女性賽博坦人主要來源是天鑄城，與其說是性別倒不如說是長期分離的兩個群落產生了差異；最顛覆的要數IDW世界線中阿爾茜的來歷，是震蕩波的老師，覆滅煞君/災爾薩斯給他做了變性手術，還是非自愿的。又比如在《頭領戰士》系列中，小諸葛/黎恩是一個頭領戰士，其頭部是可以單獨變形的個體，而在IDW世界線中，目前還沒有出現小諸葛是頭領戰士的跡象；同樣的還有電腦怪杰/郭文，在IDW世界線中成了一名記憶科醫師，還有一個伴侶名叫發條。而不同系列的劇情也可能大相徑庭，比如在《領袖之證》的結尾，大黃蜂推掉了Boss宇宙大帝，并在《領袖的挑戰》中擔綱男主，而IDW世界線中小蜂卻在從擎天柱手中接任后不久，為了阻止震蕩波毀滅宇宙的行動，死在了威震天懷中（大誤）；震蕩波在以前的故事中一直是一個遵從邏輯的反派科學家，而在IDW系列中卻成了慘遭皮影戲和因普拉斯/俱五刑毒手的有為政客以及影響引導了護天衛和擎天柱的領袖導師。
簡單地說，變形金剛不同系列之間的差別很大，可以說除了大部分人物的基本性格、人物印象和名字以外，幾乎都是區別。
關于變形金剛的歷史，可以參考78DM的資料庫：