Phone就是“音”，是語音學中的最小單位（SmallestUnit）。指的是任何一種簡單的發聲現象或一個發音特點。標記法使用中括號，比如[b]、[p]、[n]、[t??]、[i]、[?]等等。
Phonème是“音素、音位”，是語音學中最小的有區別性的單位（SmallestDistinctiveUnit）。其實它的本質還是音，但其和Phone的不同，靠的是一手“有區別性”的特點。也就說在某種語言里，這個音和別的音“不一樣”，它是獨立的，不會和任何音混淆的，是可以作為官方標準音來記錄單詞的。音位的標記法使用斜杠，比如/b/、/p/、/n/、/t??/、/i/、/?/等等。
就拿英語舉例吧（這很關鍵，前提必須是在同一語言里才能比較），世界上的英語根據地區不同，口音也是不一樣的，有美式、英式、蘇格蘭式、港式、印度式等等五花八門。他們在對某些音的處理上也是不同的，比如單詞“fast”，英式口音是[fɑst]、美式口音是[f?st]，但無論用哪種都不會影響聽話人對這個詞的理解，都是同一個詞，那么這里我們說雖然[ɑ]和[?]代表了兩個不同音，但都屬于同一個音位。又比如有另一組音[fɑst]和[fest]，無論對于說話人還是聽話人，這兩組音都代表了兩個完全不同的詞：fast和fest，在這種情況下，不同的發音會導致一個詞變成另一個詞，這就是所謂的區別性，那么這里我們說[ɑ]和[e]代表了兩個不同音，同時也代表了兩個不同的音位/ɑ/和/e/。
這么說起來可能還是比較抽象，所以這種時候我們才需要引入Allophone的概念。
Allophone指的是“同位異音”，如果題主已經接觸到這個概念的話，那么一定也聽說過MinimalPair（最小對立組）的概念。這兩組概念是相對的。也就是說我隨意給出兩個音，如果分析之后發現它們是最小對立組的關系，那么這兩個音就分別是兩個不同音位；否則，它們就只是同一個音位的不同變體。這里再給一組例子：
已知在英國英語中，語速不同有時候會導致[k]和[x]兩個音產生混淆。
a.[me?k??]”making”
b.[me?x??]”making”
c.[me?z??]”mazing”
在a和c中，除了[k]和[z]其他部分發音完全相同，并且[k]和[z]的變化區別開了兩個不同的詞，所以a和c是一組最小對立組，并且包含了兩個不同音位/k/和/z/。在a和b中，盡管兩組發音只有[k]和[x]不同，但這兩個音并不能區分任何詞，它們只是同一個詞在不同口音下的表現，所以[k]和[x]只能是音位/k/的兩個變體，記作：
/k/
/\
[k][x]（即[k]和[x]是一組同位音，共同音位是/k/）
當然Allophone中也還包括“條件變體”和“自由變體”等，那又是另一個故事了。需要注意的是，在你不確定一個音是否是音位的時候只能用“[]”標記，因為它可能只是一個發音現象。只有當你在已知或確定是音位之后，才用“//”標記。比如在中文里/m/和/b/就是兩個音位，因為“媽”和“爸”肯定不是一樣的。
如果還有不清楚的地方我盡力補充。
（注：由于我在學習的過程中最先接觸的概念是phone和phonème，在未了解大陸語言學命名規則的情況下，就結合課程釋義和自身理解，按自認為便于理解的中文名稱進行了翻譯。但在翻閱了一些資料后，我發現對于phone和phonème到底哪個才是“音素”，是存在一定程度混淆的，包括“語素”morphe和morphème、“字素”graphe和graphème等的譯文。所以同學可按自己對上述外文詞的認知進行理解，不強求一定遵照我的翻譯，我也只對相應的語言學概念做解釋。）