青春期初期，由于陰莖迅速增大變厚，包皮逐漸后退露出龜頭。如果青春期后包皮還包在龜頭里，需要翻過來才能露出來，就叫包皮過長；如果轉不出來，就叫包莖，需要手術治療。包皮里經常有硬皮堆積。青春期結痂較多，要經常在包皮上沖洗，避免龜頭和包皮發炎。
睪丸是男性生殖器最重要的部分，是一對橢圓形腺體。青春期前睪丸體積只比嬰兒期大，不到3 ml。青春期后睪丸發育迅速，體積可達12 ml以上。內彎細管的長度和彎曲度增加，管腔變粗，管壁基膜上的精原細胞繼續分裂增殖，不同階段出現生精細胞，最終發育成精子。睪丸也分泌雄激素，所以睪丸既是生殖器官，也是內分泌器官。
胎兒時期，睪丸在腹腔內，出生后下降到陰囊。有的男生陰囊里沒有睪丸或者只有一邊。這是因為睪丸還留在腹腔內，醫學上稱為隱睪。他們應該盡快去醫院檢查和治療。
男性生殖器官的副腺包括精囊、前列腺、尿道球腺等。青春期開始后，上述腺體均迅速發育并分泌液體，與精子混合形成粘稠的乳白色精液。精子是男性特有的生理現象，是青春期發育的重要標志。青春期后，它可以發生在健康的男性身上。
首次遺精平均年齡14 ~ 16歲，比女生月經初潮平均年齡晚2歲左右。第一次遺精通常發生在夏季。最初的精液中可能沒有成熟的精子。第一次遺精后，身體發育逐漸減緩，而睪丸、附睪、陰莖發育迅速，接近成年水平。
青春期男性，隨著生殖器官的發育，有毛發(陰毛、腋毛、胡須)生長、變聲、喉結等第二性征。陰毛最先出現，其次是腋毛。腋毛出現1年后，長出胡子。突出的喉結是男性特有的第二性征。