陰莖表皮或內部疼痛并不好玩，問問之前有過這種癥狀的人就知道了，陰莖疼痛的主要原因是各種創傷和過度性交。
此外，如咬傷(有可能被人或昆蟲咬傷)、丘疹或任何皮膚創傷往往是陰莖疼痛的原因，
陰莖疼痛的另一個常見原因是生殖器皰疹，在發病(皮疹長出來)前，感染部位會有5-6天的燒灼感、瘙癢感或疼痛感，然后在表皮上可發現明顯可見的潰瘍，一旦這些水泡逐漸愈合，疼痛的癥狀就會消失，皰疹第一次發作后，有些患者數月、數年甚至終生都不會復發，但有些患者往往會復發。阿昔洛韋錠是抗病毒藥物，口服效果好，不僅可以緩解疾病發生時的劇烈疼痛，還能有效降低復發頻率。在艾滋病流行之前，生殖器疤痕皮疹是最常見的疾病，引起歇斯底里的憤怒和兩性之間的爭端。到現在，比起致命的艾滋病疫情，這種互相怒目而視要溫和得多。
前列腺炎癥常引起陰莖疼痛。這種情況可能是由陰莖感染或刺激引起的，如果感染了，必須用抗生素治療；如果刺激的話，只要休息充足，癥狀就可以緩解。
梅毒可以引起陰莖潰瘍和潰瘍，但不會引起疼痛，此外，還有一些非典型尿道炎(通常是尿道感染或衣原體引起的炎癥)和淋病，通過性行為傳播，引起疼痛癥狀。雖然發明了青霉素和其他種類的抗生素，但淋病仍然給人們帶來相當大的麻煩。另一方面，在沒有包皮環切的男性中，容易發生包皮內感染(龜頭炎)，也會引起陰莖疼痛和腫脹。通常只要對真正的病因給予適當的治療，大部分都能成功消除各種不適的疾病癥狀，
以下是陰莖疼痛不常見的原因：
1.陰莖癌——鑒別陰莖癌不難，從器官表面可以看到形成病變的組織。陰莖癌通常不會引起疼痛，除非被感染，這種疾病的治療方法是手術，
2.目前，人工修復手術已廣泛用于治療陽痿，即通過手術將導管植入陰莖組織，使陰莖通過該裝置成功勃起，如果修復手術能達到良好的功能，患者就能再次享受滿意的性生活，但這種人工植入管往往會感染，引起陰莖疼痛。
3.如果我說眼睛發紅、關節痛與陰莖不適有關，你信不信？這種看似不可能出現的并發癥被稱為溶解綜合征，這是一種由機體免疫系統失衡引起的疾病(我在前面關于關節痛的章節中提到過這種現象)，所以如果陰莖疼，分泌物流出，有輕微發熱，關節也會疼，那么請對著鏡子看眼睛，如果眼睛發紅，可以據此診斷自己的問題，通常，幾周后，這些癥狀會自行消失，無需任何治療，
4.有時候矛盾的是，陰莖的疼痛其實來源于勃起帶來的疼痛，當血塊在勃起的陰莖動脈中形成時，它會阻止血液從陰莖流向身體的其他部位。其結果是，陰莖的勃起將持續比需要或期望的時間長得多，并會形成劇烈的疼痛，這種情況被稱為永久性勃起(例外勃起)，通常需要手術來解除梗阻。一般來說，這種情況最常見于患有血沉疾病的患者，如白血病(白細胞增多)和鐮狀細胞性貧血(但也可能發生在健康人身上)，
5.另一個更常見更常見的原因是陰莖勃起時會引起疼痛—— Peyronies’s Diseas，指陰莖內形成疤痕組織(原因至今不明)，如果患有這種疾病，陰莖在勃起時會彎曲，導致性交困難，甚至根本無法性交，一般手術可以改善這種情況，
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