(1)包莖：正常男性陰莖皮膚較薄，陰莖頭附近皮膚折回兩層，稱為包皮，如果包皮口較窄，包皮翻不上去露出陰莖頭，稱為包莖，小兒出生時包皮與陰莖頭粘連稱為先天性包莖，另一種獲得性包莖是由于包皮口瘢痕攣縮所致，繼發于陰莖頭皮炎。
(2)隱匿陰莖：指恥骨內脂肪過多，但陰莖皮膚附著于陰莖體不足，使陰莖隱匿于恥骨皮膚內。該病可能同時并發陰莖頭尿道上裂。此時，陰莖后側的尿道溝可以通過陰莖皮膚觸及。
(3)陰莖-陰囊轉位：又稱陰莖陰囊前部。長在陰莖前方的是陰囊，臨床上比較少見，因為其他嚴重畸形導致無法存活。完全陰囊轉位罕見，尿道下裂常伴有部分陰莖陰囊轉位，
(4)陰莖扭轉：根據陰莖的解剖結構，陰莖由兩個背側海綿體和一個位于腹側中部的尿道海綿體組成，在發育過程中，如果陰莖海綿體發育不對稱，就會發生陰莖扭轉，扭轉的程度是由陰莖海綿體發育不平衡決定的。
(5)蹼狀陰莖：即有一層薄薄的皮膚從陰囊延伸至陰莖腹側，導致陰莖與陰囊融合。
(6)重復陰莖：包括分叉陰莖、完全復制陰莖和另一個異位陰莖。分叉陰莖發生率高，復制的陰莖可局限于陰莖頭或包括整個陰莖體，
(7)無陰莖：患者出生時無陰莖，尿道在會陰、肛門甚至直腸附近開口，這種疾病非常罕見，大約200萬新生兒中就有一例。
(8)大陰莖：顧名思義，與同齡的人相比，陰莖太大，稱為大陰莖。一般來說，正常成年人陰莖7 ~ 10 cm，勃起時可加倍，該病多見于性早熟、先天性癡呆、侏儒癥、垂體功能亢進、腎上腺功能亢進，
(9)陰莖小：正常男性新生兒陰莖平均長度為3，5 ~ 7厘米，陰莖長度小于1厘米，青春期開始時，男性陰莖呈兒童形狀。
(10)先天性陰莖彎曲：位于陰莖腹側的尿道海綿體縮短，使陰莖向腹側彎曲，