從健康女性陰道分泌物中可分離出20多種微生物，陰道內主要常駐菌有乳桿菌、表皮葡萄球菌、大腸桿菌、B鏈球菌、類桿菌、白色念珠菌、支原體等，乳酸菌在陰道自凈中起主要作用。根據革蘭氏陽性乳酸桿菌的百分比，陰道可分為不同的清潔度。大部分是一級視野的乳酸桿菌，二級視野約50%，三級視野不到50%，正常情況下，引導菌群與機體共生，不致病。當機體的正常防御功能受損時，就會導致內源性性感感染，
一些生殖系統原本健康的女性，為了預防婦科疾病，經常使用中藥外用洗液、高錳酸鉀溶液等消毒劑清洗陰道和外陰。事實上，這種做法可能會產生不良后果，這是因為陰道具有“自我清潔”的功能，可以在一定程度上保護女性的生殖系統，如果用無用藥指征的消毒液沖洗陰道，可能會破壞陰道的防御功能。此外，經常使用中藥洗劑和高錳酸鉀沖洗外陰也可降低外陰皮膚的抗病能力。經常使用高錳酸鉀還可以減少皮膚出油和皮膚干燥，引起外陰瘙癢，
在日常生活中，加強自我保護意識，養成良好的衛生習慣，注意一些“小片段”，往往可以對預防婦科疾病起到事半功倍的作用。比如，不要在公共衛生間亂放衣服；洗腳前先洗外陰和內衣；不要和別人換衣服，尤其是內衣；洗陰部盆，毛巾一定要專用，毛巾要定期煮沸消毒，手足癬的女性一定要及早治療，否則容易引起霉菌性陰道炎；夏天穿得太多，盡量避免在公車上久坐；不要長期濫用抗生素和化學藥品沖洗陰道，以防菌群失調引起真菌性陰道炎。