有人批評進化生物學充其量只是一個猜想，而事實恰恰相反。進化科學家對解剖學、生理學、胚胎學和行為學中許多無法解釋的現象給出了明確的答案。然而，仍然有一些困惑無法解決，其中最突出的是同性戀的演變。這個問題本身并不復雜，但是我們最好的科學家仍然沒有找到答案。
任何性狀進化的必要條件是與繁殖成功正相關。更準確的說，應該是有利于以后相關基因的延續，所以，如果說同性戀是進化的產物，那顯然是，原因下面會解釋。那么與偏愛同性戀相關的遺傳因素在繁衍后代方面肯定有一定優勢，那么問題就很明顯了：既然同性戀的后代比異性戀少，為什么自然選擇沒有帶來同性戀？
這種悖論對于完全沒有異性戀的絕對同性戀者來說尤為突出，但是，即使對于雙性戀者來說，這個問題依然存在，因為即使繁殖結果只是微小的差異，潛在的進化過程也會發生巨大的變化，這可以從數學上得到證明，
進化論的巨人之一J.B.S .霍爾丹曾經做過這樣的計算：假設有一對等位基因，其中最常見的一個一開始能在99.9%的人口中找到，而另一個罕見的只被0.1%的人口攜帶。如果這個稀有基因有1%的繁殖優勢(每代可以產生101個后代，而普通基因每代只能產生100個)，那么只需要4000代(從進化的角度來看，只是一眨眼的功夫)，情況就會逆轉，最初的稀有基因會占據基因庫的99.9%，這就是所謂的“利潤滾動”的力量，通過自然選擇發揮作用。
對我們來說，這有著深遠的意義：任何削弱基因繁殖能力的性狀，哪怕是微小的程度，都會被殘酷地淘汰(從進化的角度來看)，同性戀似乎就是其中之一。男同性戀生孩子的概率是異性戀的20%左右，我還沒有看到關于女同性戀的可靠資料，但似乎可能有類似的模式，而且，雙性戀的后代應該比異性戀少，因為異性戀把自己的戀愛時間和精力都奉獻給了異性，
同性戀的遺傳基礎
在不同的文化中，同性戀者在人口中的比例幾乎是一樣的，是什么保持了這種性狀的遺傳傾向？
說同性戀是后天的，不能用來解釋這種現象(這里改了)，科學界普遍認為同性戀是有生理基礎的，一方面，許多野生動物有同性性行為。更重要的是，同性戀在智人中持續存在，比例很高，跨越文化，
20世紀90年代初，美國國立衛生研究院(NIH)的一個基因研究小組發現，X染色體上的Xq28等位基因可以預測男性的性取向，大部分同性戀權利倡導者對這項研究相當樂觀，而那些主張性取向完全是個人生活方式選擇的人，對可能的研究結果相當恐懼，然而，后續的研究并沒有得出明確的結論，情況比大家想象的要復雜得多。
有研究未能證明Xq28對性取向有任何決定性作用，也有支持原研究的，越來越清楚的是，無論Xq28如何影響男同性戀，這個基因都與女性性取向無關。此外，其他研究表明，常染色體上的一些區域也會影響人類的性取向。
綜上，可以得出合理的結論。幾乎可以肯定的是，同性戀性狀的出現直接受到基因的影響，盡管它可能不受一個或多個等位基因的嚴格控制。女同性戀的特質也是如此，只是涉及的遺傳機制和相關基因與男同性戀不同。
性取向與特定DNA對應關系的研究具有啟發性，但尚未得出明確結論，此外，還有其他遺傳學證據，大量關于兄妹和雙胞胎的研究資料表明，基因在性取向中的作用非常復雜，我們還不能完全理解，但它的作用是真實的。值得注意的是，被收養的同胞兄弟姐妹中同性戀的比例(所以沒有遺傳聯系)低于親生兄弟姐妹，而親生兄弟姐妹中同性戀的比例低于異卵雙胞胎，而異卵雙胞胎的比例低于同卵雙胞胎。
這些研究的結果進一步證明了遺傳因素對性取向的影響在男女之間是不同的，而其他研究證明同性戀傾向無論男女都有一定程度的遺傳。
同性戀起源的若干假說
很難否認，我們面臨著一個進化之謎：為什么同性戀潛在的遺傳傾向能夠持續下去？我們仍然沒有找到答案，但是進化學者提出了幾個非常潛在的假設：
親緣選擇假說。科學家推測，產生利他主義的基因幫助有親緣關系的親屬，使后者的利他基因具有遺傳優勢，利他主義可以繼續。同樣的原則也可能適用于同性戀：同性戀個體不必在自己的生殖上投入時間和精力，或許可以幫助親屬撫養后代，最終從進化中受益于這些孩子潛在的同性戀傾向基因。
遺憾的是，目前還沒有證據表明同性戀者花大量時間幫助親屬撫養后代，甚至比其他人花更多時間與家人互動，但不要急于下結論：這些結果都是基于問卷調查；它們反映的是觀點和態度，而不是實際行為，再者，調查面對的是現代工業社會，很可能無法代表人類祖先的處境，
最近的一項研究調查了南太平洋薩摩亞的男同性戀者，薩摩亞是一個更傳統的社會。當地的男同性戀被稱為“法阿法芬”，他們沒有后代，所以他們可以被整個社會接受，尤其是他們的血親。這些男同性戀把很多精力都投入到了自己的侄子(甥)身上。這些孩子平均分享25%的基因。
社會聲譽假說，人類學證據表明，在前工業社會，男同性戀者更容易成為牧師或神父，他們的異性親屬獲得了很高的社會聲譽，因而具有生殖優勢，從而使得任何共有的同性戀傾向基因得以延續。這是一個非常吸引人的想法，但缺乏實證支持。
群體選擇假說，大多數生物學家認為，自然選擇發生在個體及其基因層面，而不是群體中。但是人類可能是個例外；也許一個有同性戀個體的群體比一個有所有異性戀個體的群體要好，最近，人類學家莎拉b赫迪等人指出，在人類進化的大部分時期，養育后代并不是父母(更不是母親)的專利。我們的祖先有很多的異母行為，那些不是孩子父母的人，尤其是其他血親，都參與了撫養后代的任務，智人發展這樣的系統是非常合理的，因為在所有靈長類動物中，智人的新生兒是最無助的，最需要成年人的能量。如果人口中有足夠多的育兒助手是同性戀，整個群體都會從中受益匪淺。
另一方面，即使人類祖先中的同性戀者不必參與共同撫養后代的任務，他們生的孩子也更少(或者干脆不生孩子)，這本身就為他們的異性親屬節省了更多的資源。有研究者提出了其他群體層面的模型，側重于社會互動而非資源利用：同性戀可能與較強的社會性和社會合作性有關；也可能阻止異性的暴力競爭。
均衡多型假說，可能當同性戀的遺傳傾向與一個或幾個特定的基因共同作用時，會因為一些未知的原因產生補償性的好處，比如著名的鐮狀細胞性貧血(鐮狀細胞病這里改了)，這種疾病的致病基因有助于預防瘧疾，雖然目前還沒有確定哪個基因是決定性方向，但我們仍然不能排除這種平衡多型性的可能性。
根據性別對抗選擇假說，如果一個性別個體的一個或多個同性戀基因(導致繁殖后代減少)會對另一個性別個體產生相反的效果怎么辦？我更喜歡“性互補選擇”這個術語：削弱——性別生存適應性的基因，比如男同性戀，可能會增強女性的適應性。
一項研究發現，男同性戀的女性親屬比異性戀男性的女性親屬生育的后代更多。這說明同性戀基因雖然對男同性戀者和他們的男性親屬不好，但對他們的異性女性親屬卻是一種生殖優勢，
據我所知，目前還沒有發現相反的情況，女同性戀的男性親屬也沒有更強的生殖適應能力。這種情況可能永遠不會發生，因為越來越多的證據表明，女同性戀和男同性戀有不同的基因模式。
非適應性副產品，同性戀行為可能既不適應也不適應，它可能是一種不適應行為，也就是說，它可能不是自然選擇的，而是作為某些顯性性狀的副產品而保存下來的，這樣的顯性性狀可能渴望形成配對關系，尋求情感或生理上的滿足，等等，那么，為什么會有這樣的傾向，為什么人與人之間的親密關系是愉快的？答案大概是，在進化過程中，長期的配對關系最有利于個體的成功繁殖。
為什么要研究同性戀
關于同性戀的進化之謎，還有很多其他的假說，但并不是無止境的，也不是任何假說都可以自圓其說的。以我們目前的知識，只能確認同性戀是有生理基礎的，但其生理機制的進化過程還是個謎。
另一個問題是，為什么要費心去研究同性戀的進化？
在《火星編年史》(火星編年史)這本書的結尾，雷布雷德伯里描述了一個令人不寒而栗的場景：一個人類家庭正試圖逃離即將在地球上爆發的核戰爭