內蒙古的“盟”、“旗”源自清代的“盟旗制”。
“盟旗制”為清政府在蒙古地區實行的統治制度。
清（后金）于清太祖天命九年（1624）至清高宗乾隆三十六年（1771）年間，根據八旗制度的組織原則，在蒙古原有社會制度的基礎上逐步建立起來的。清廷先于內蒙古建立盟旗制，后逐步推及外蒙古及新疆、青海等蒙古族聚居區。
清時所統轄之蒙古族，內蒙古所屬6盟49旗，外蒙古所屬喀爾喀4盟86旗，杜爾伯特2盟15旗，土爾扈特5盟13旗，和碩特1盟3旗，青海額魯特1盟29旗。
“旗”為軍事、行政合一的單位。各旗大多以原有的鄂托克（小領地）為基礎，仿照八旗制度的組織原則建立，為清政府直接管轄下的蒙古地區基本的行政、軍事編制單位。
每旗由清政府從本旗王公及臺吉（清時蒙古貴族封爵之第七等）或塔布囊（清蒙古族貴族封爵）內任命札薩克（旗長）一人，掌一旗之政令，但仍受理藩院及當地將軍、大臣等節制；下設協理臺吉二或四人協辦旗務。清政府并置管旗章京一人統管一旗之事、副章京一或二人分管一旗之事。旗下設佐領若干，凡旗眾均編入佐領之下，以佐領、驍騎校各一人領之，平時生產，戰時從征。此外，每四至六佐領復設參領一人統轄。
“盟”為旗的會盟組織，合數旗而成一盟，但“盟”并不是“旗”的上一級行政機構。
每盟設盟長、副盟長各一人，掌辦本盟各旗會盟事宜及旗務。盟長通常由清政府任命盟內各旗中的旗札薩克一人兼攝盟長。盟長在會盟時執行比丁、練兵、檢查財務、清理民刑案件等職權，戰時率領各旗兵丁應召出征。但喀爾喀蒙古各盟盟長無兵權；額魯特蒙古各盟不設盟長，其盟務由該管地區的將軍或辦事大臣直接掌管。
凡會盟，一般三年一次，任務是清理刑名和編審丁冊；初由清政府特派會盟大臣前往主持，乾隆十六年（1751）后改由各盟自己會集辦理，然后將所辦事件上報理藩院查核。
盟旗制度加強了清廷對蒙古各部的管理與控制，對蒙古地區和社會經濟發展與大陸國家統一具有一定的作用。
中華人民共和國成立后，盟旗制度已徹底廢除，但在內蒙古自治區仍保留盟、旗稱謂。“盟”相當于地區（舊稱專區），“旗”相當于縣。
內蒙古自治區面積118萬平方千米，人口2460萬。現轄9地級市、3盟（興安盟、錫林郭勒盟、阿拉善盟）、11縣級市、17縣、49旗、3自治旗及23市轄區。