九陽真經并非達摩所創，而是由虛竹的次子、張三豐的師父覺遠大師所創。

覺遠大師原本姓李名純佑，乃是縹緲峰靈鷲宮主人虛竹次子，母親西夏公主李清露。

覺遠自幼智意所及，有若成人之智，何種典籍，一經涉獵便可一蹴而就。

虛竹夫婦見之甚是欣慰，母親希望其讀孔孟之書，學堯舜之道,明體達用,以便將來入得朝堂，幫助西夏治國安民。

父親虛竹所練的逍遙派武功，本就傾向道家清靜無為之思想，而他又是少林僧人出身，又免不了給覺遠傳授佛家思想，如此一來，覺遠涉儒涉道涉僧。

母親日日忙于朝堂之事，無暇他顧，父親雖為武功絕頂高手，但不善于詞令，無法將其中至理解惑于覺遠，以至于覺遠常常迷惑不已。

虛竹私下也數次告知覺遠，他的迷惑可在少林藏經閣中找到答案，自此，少林藏經閣已成為覺遠心目中的圣地，希望他日能到少林藏經閣尋求答案。

就在此時，逍遙派弟子巫行云與李清露之母李秋水，為無崖子的舊情而爭風吃醋，從而引發了西夏宮廷政變。

巫行云暗中勾結西夏一品堂，血洗了西夏朝堂，由此波及到了虛竹與李清露，虛竹夫婦雖拼死苦斗，長子還是在這次清洗中不幸被害，帶著覺遠逃到了云南。

李清露接受不了喪子之痛及家破人亡，憂郁成疾，不久便撒手人寰，離開了人世，虛竹也心灰意冷在大理出家為僧了。

覺遠見到母親去世，父親沉淪，于是獨自前往少林寺拜到恒溫禪師門下，賜法名覺遠。

覺遠到了少林后默默無聞當了一名監管藏經閣的僧人，他害怕自己出口就是儒道僧的精要，被人發覺，于是寡言少語，閱遍了藏經閣中的經典，可惜未能從中得到自己以前困惑的答案。

直到有一日，偶然從王重陽那里看到一本《九陰真經》，雖然他將《九陰真經》貶得一文不名，其實這本書對他受益良多，深有啟發。

回去后，覺遠將自己海納百川，有容乃大，壁立千仞，無欲則剛的感悟寫下，便成了九陽真經。

可是覺遠無意之中卻參與到少林寺發生的一場嚴重內亂之中，這場內亂，少林寺史稱之為“火工頭陀之變”。

少林寺本等級森嚴，尤其是后廚干活的雜役們，時時要遭受香積廚僧人的欺壓。

其中一位自幼被少林寺收養的火工頭陀，經常被少林寺的僧人欺負。覺遠心存慈悲之心，悄悄相授其九陽真經，來抵御外傷。

剛開始，火工頭陀本想自衛不被別的僧人欺負，但他精神上的摧殘和日積月累的仇恨與日俱增，以至于到后來他的仇恨已經蔓延到整個少林。

這一年中秋大會上，火工頭陀自忖武功已超眾人，于是出手打死了方丈苦智禪師，后又偷偷潛回將欺負自己的數十位僧人殺死。然后逃到青海，自己開創了一個門派，叫金剛門。

苦智禪師死后，少林幾位苦字輩的高僧為了爭奪方丈之位互相攻訐，你爭我斗，使得千年古剎內訌不已。

覺遠心中甚是苦悶，再也不敢隨意傳授他人武功，就算是自幼和其長大的張君寶，也不敢越雷池半步。

但又覺得張君寶乃練武奇才，不傳授其武學太過可惜，于是將九陽真經夾在《楞伽經》中，無意中讓張君寶看到，并告知其達摩祖師所寫。

但張君寶悟到達摩祖師乃天竺人，就算會寫中華文字，也必文理粗疏，九陽真經文字佳妙，外國人決計寫不出，定是中土人士所作。多半便是少林寺中的僧侶，假托達摩祖師之名，寫在天竺文字的《楞伽經》夾縫之中。

此時，張君寶已隱約感覺到《九陽真經》其實就是覺遠所著，多次詢問，都被覺遠否定。

后瀟湘子和尹克西從少林寺藏經閣中盜走《楞伽經》，少林寺怪罪于覺遠而被罰去挑水，自此身負鐵鏈、鐵桶。

“昆侖三圣”何足道挑戰少林寺，張君寶從郭襄贈予的鐵鑄羅漢中習得少林羅漢拳，用之于何足道過招，因此犯下少林寺規，覺遠為維護張君寶而身挑張君寶、郭襄出逃。

而在覺遠大師行將圓寂時曾默念部分經文，郭襄、張君寶、無色禪師各記下部分內容，由此形成峨嵋九陽功、武當九陽功、少林九陽功三門上乘內功，郭襄與張君寶也因此功分別開創峨嵋派和武當派。