楊過和小龍女首先在西域將明教收復，并擔任了明教教主，然后生下陽頂天，收義子楊逍，最后死于華山，葬于西域光明頂。

三論華山后，楊過與小龍女回到古墓后決定歸隱江湖，不想只隔短短數月，小龍女舊毒復發。

為求根治，楊過想到義父歐陽鋒白駝山盛產毒物，必有解毒之法，于是兩人不遠萬里來到西域白駝山。

白駝山火山蛇毒居然有解毒奇效，不到半年，小龍女所中情花之毒便痊愈了。

正當兩人準備返回中原時，山下龍門客棧發生一件詭異之事。

上百人的駝隊在龍門客棧躲避沙暴，不想沙暴過后，他們所運財物不翼而飛，無蹤可尋，而駝隊眾人仿佛如中邪一般，竟然不知所以，這驚天的變故令眾人瞠目結舌、戰栗不已，也被眾人傳謠說是死神降臨。

楊過小龍女也是感到奇怪不已，決心要弄清此事，雖四處打聽，卻毫無頭緒，只打聽到在西域有一神秘組織在活動，其為明教。

一次，楊過夫婦得知明教有可能會對一個名叫洪家堡的村莊有所行動，于是兩人立即趕去，不想洪家堡村民全含笑而死，身體卻毫無異樣，只有一位十八、九的小姑娘因外出放羊而躲過一劫。

小龍女見其端莊秀麗，得其名叫柳芯茹，無家可歸，于是將其帶在身邊。

數月后，柳芯茹打聽到明教總壇“光明之山”在一荒山古堡中，不巧那日小龍女身體有恙，只有楊過隨她而去。

進入總壇后，不想竟是一個圈套，明教早有防備，楊過居然被機關所擒。

正當楊過苦惱之時，柳芯茹哈哈大笑，她居然是明教教主。

原來此明教為西域明教，乃是波斯明教的分支。西域明教接受波斯明教的宗旨”同生死，不相棄;治西域，成大業”，在西、南兩方建立自己的根據地，然后乘大宋與蒙元戰爭時，同時出兵，侵占大宋疆土。

柳芯茹原為波斯明教三圣女之一，從萬里之遙的波斯來到西域，伺機通過西域明教來控制西域，以圖達到列土封疆的目的。

那日在龍門客棧劫取的財物并非是普通財物，而是西域突勒石國送與大宋的貢品。

明教一方面為了破壞大宋與突勒石國的關系，另外為了出兵中原，籌集糧餉，于是在客棧設伏，給駝隊眾人在水下了致幻的毒藥，令眾人產生幻覺，以為是天神下凡。

柳芯茹沒想到大名鼎鼎的神雕俠楊過會插手此事，為防意外，假裝孤女，留在楊過身邊，來監視其行動。

搶得貢品之后，明教到洪家堡雇傭腳夫，不料村民拒絕，于是明教放出號稱“死亡之神”的秘密殺人武器。

“死亡之神”是一種以蝙蝠為宿主的病毒，經過異化，可以達到殺人于無形，每到不服從明教管教的地方，就會將蝙蝠放出，此地就會雞犬亦盡，無復行人。

就在柳芯茹興高采烈，得意地告知楊過所有宏偉藍圖時，小龍女現身了。

其實楊過早就發覺柳芯茹并不簡單，早就對其起了疑心，于是設計讓其原形畢露。

小龍女首先用硫磺之煙熏死那些蝙蝠之后，隨后帶人暗中跟蹤至此。

看到事情敗露，又不想落入楊過之手，柳芯茹便服毒自盡了。

明教眾人看到教主已死，紛紛要拜楊過為教主。楊過不想這些人再做有損大宋利益之事，還能爭取一只抗元勢力，于是答應。

楊過首先將明教總壇搬至白駝山，并改名為光明頂，又任命百草仙、人廚子、韓無垢、圣因師太、張一氓、青靈子為六大護法，然后脫離波斯明教的控制，把抵抗蒙元作為了明教唯一宗旨。

為引起不必要的麻煩，楊過將自己的楊字分解成木易，對外宣稱明教教主為木易，不想江湖中人訛成衣教主，造成了郭襄尋找楊過未果。

當明教脫離波斯明教總壇后，波斯明教派來使者洽談，就在此時又傳來襄陽被困，楊過不想失去這支抗元力量，于是派人廚子將自己的玄鐵劍與君子淑女劍送往襄陽，讓黃蓉實行刀劍計劃。

等解決了波斯明教后，楊過聽聞襄陽城破，郭靖夫婦、郭破虜以身殉國，心中甚是悲痛。

不久，楊過與小龍女之子楊破天出生，這才令楊過悲痛之心稍稍平復了不少。

楊破天自小天賦異稟，少年時武學幾乎達到當世無敵地步，楊過為讓他多多歷練江湖，于是讓其改名陽頂天，免去被人嫉妒之心。

幾年后，小龍女為解自己孤獨，又收一義子楊逍，讓楊過傳授其桃花島武功。

楊過夫婦看到陽頂天、楊逍如此出眾，心中甚是欣慰。

數年后，已逾耄耋之年的楊過小龍女在華山祭拜完歐陽鋒與洪七公后，不想舟車勞頓，楊過竟無疾而終。

小龍女將楊過遺體運回西域，安放在了光明頂密道之中，并在華山立一劍冢，將獨孤九劍劍譜埋于其中，希望有緣人能得到并傳承下去，臨別之際，將這里起名“思過崖”。