野生寶可夢有一定概率帶有病毒（“寶可病毒”/Pokerus），也會相互傳染，也會產生免疫，但是這種“寶可夢病毒”都是有益無害的，可以在對戰結束之后，將寶可夢獲得的努力值翻倍，而且出現得概率很低，所以實際上是個“可遇不可求”的事情。
“寶可夢病毒”暫時不可被人為治愈，只能通過寶可夢自身完成免疫，但是和寶可夢本身形成“互利共生”的關系，對此Pokemon學界尚無明確定論，也處于研究之中。
我們從幾個角度來介紹一下：
“寶可夢病毒”起源：城都地區的野生寶可夢攜帶
“寶可夢病毒”最早發現于二世代游戲（《寶可夢：金/銀》與《寶可夢：水晶》）舞臺——城都地區。最早在城都地區，會出現部分訓練師的寶可夢在精靈中心被“確診”為帶有“寶可夢病毒”，這些“寶可夢病毒”的源頭就是來源于野生寶可夢。
最早注意這一現象并展開研究的就是空木博士，作為城都地區的研究權威，雖然其主要研究方向是寶可夢的繁衍習性，然而卻注意到了這一現象。空木博士對“寶可夢”有權威論述：
我發現了一件奇怪的事情。似乎有一種叫做寶可病毒的東西感染了寶可夢。對，它就像病毒一樣，所以被叫做「寶可病毒」。它複製得很迅速，並且會傳染給其它寶可夢。但是僅此而已。似乎它們不會做任何事情，並且最終會消失。我認為沒有什麼要擔心的。再見！
——空木博士
空木博士的論述十分全面，這個病毒幾乎是“無害的”，而且很多時候，這個“寶可夢病毒”是對培育寶可夢本身有好處的，可以使得努力值翻倍。
寶可夢病毒的一般特征：努力值翻倍，感染后隨著時間痊愈并產生免疫力
寶可夢一旦被“寶可病毒”感染之后，會有專門的“感染狀態”。在這個狀態下寶可夢在對戰之后，可以讓努力值翻倍，對于寶可夢培育大有好處，所以大多數訓練師本身對于寶可夢病毒都是積極態度。
關于寶可夢病毒，Pokemon學界至少確定了以下幾條事實：
1.寶可夢病毒來自于野生寶可夢，而非家養，概率為3/65536；
2.感染的寶可夢，努力值翻倍，但是沒有任何其他癥狀，從外觀難以分辨健康和感染寶可夢；
3.寶可夢病毒會在同行寶可夢中傳染（后文詳述）；
4.寶可夢病毒并不會在箱子中傳播；
5.至多4天之后，感染的寶可夢會自己痊愈，并且產生“免疫力”，但無法被人為或者道具治愈；
6.寶可夢最多感染一次病毒，得病一次，終身免疫；
正因為如此，寶可夢病毒是“可遇不可求”的，每2萬2千只野生寶可夢中才有大約一只帶有寶可夢病毒的野生寶可夢，且無法直接通過外表判斷。所以，訓練師即使希望感染上病毒，也有大概率錯過一只感染病毒的野生寶可夢。
寶可夢病毒的傳播
目前，關于“寶可夢病毒”傳播，已經有成熟的結論：
1.寶可夢病毒主要的傳播方式在相鄰的同行寶可夢之間，只有相鄰同行寶可夢之間會有一定概率“傳染”，一說概率為1/3；
2.寶可夢病毒并不能在電腦中傳播，存儲在箱子之中的感染寶可夢，不會傳染給同一個箱子的寶可夢；
3.與帶有寶可夢病毒的野生寶可夢對戰甚至收服，都會感染你的寶可夢，這是寶可夢病毒的來源之一。
所以，如果有訓練師希望“控制疫情”（雖然絕大多數情況下都不會這樣），一般做法就是每次只攜帶感染寶可夢，或者直接“鎖”箱子中，等待至多4天后痊愈；